Dilahirkan pada 28 Februari 1918 di Anxi, sebuah daerah pergunungan di wilayah Fujian tenggara, China, Lim Goh Tong ialah anak kelima dalam keluarganya. Beliau mempunyai abang sulung (Jing Ya), tiga kakak sulung (Lim Zhuang, Lim Bau dan Lim See), adik perempuan (Lim Mei) dan adik lelaki (Jing Kun). Lim dilahirkan di persekitaran desa di sebuah kampung, pada masa itu, China berada dalam keadaan kekacauan dan kerusuhan selepas revolusi 1911, tetapi kehidupannya agak terlindung untuk Lim di kampung. Beliau membesar dengan aman dan berpeluang belajar di sekolah. Walau bagaimanapun, bencana melanda dan bapanya meninggal ketika beliau berusia 16 tahun. Lim terpaksa meninggalkan sekolah dan beliau dan abang sulungnya terpaksa mengambil alih tugas untuk menyara keluarganya.[2]

Ketika keadaan China menjadi lebih teruk, Goh Tong memutuskan untuk mengambil langkah berjaga-jaga ke Malaysia (dikenali sebagai Malaya ketika itu) mengikut jejak langkah sepupunya, Lim Kheng Chong. Lim meninggalkan China melalui Xiamen pada awal Februari 1937 pada usia 19 tahun. Beliau bekerja untuk bapa saudaranya sebagai tukang kayu dalam tempoh dua tahun pertama, mendalami bahasa Melayu sementara itu. Selepas mendapat pengalaman, beliau terus menjadi subkontraktor bangunan dan menyiapkan tugas pertamanya untuk membina sebuah sekolah dua tingkat. Beliau kembali ke Anxi pada tahun 1940, tetapi kembali ke Malaya pada tahun berikutnya di tengah-tengah persekitaran perang yang semakin merosot.[2]